中日官方有爭議的是：中國大陸和台灣方面都認爲中國在明朝不僅早先發現，而且1534年（明嘉靖十三年）明朝第11任冊封使陳侃的《使琉球錄》、1562年（明嘉靖四十一年）的《籌海圖編·沿海山沙圖》的編纂記載等，證實當時已實施了有效主權支配，因此中方對釣魚島群島早已擁有無可辨駁的主權。1556年，鄭舜功奉命赴日考察後撰寫的《日本一鑒‧萬里長歌》中明確記載了釣魚台屬於台灣：「……釣魚嶼小東小嶼也」（「小東」即當時對台灣的稱呼），說明中國當時已認定釣魚台等島嶼是台灣的附屬島嶼。到1683年中國清朝時期，清政府在澎湖海戰迫使鄭克塽投降，康熙帝將台灣劃入大清帝國版圖，歸福建省管轄。清朝的第二任琉球的冊封使汪楫於康熙二十二年（1683年）在其使録《使琉球錄》卷五中，對赤嶼（屬釣魚列島）和姑米山（屬琉球王國）之間的海域有著「中外之界」的描述。故此中方無論是北京還是台北在正式官方聲明中均堅稱釣魚島列島是自己的固有領土。
而日本政府的觀點是，中國雖在明朝或更早先發現了釣魚島，但至甲午戰爭開始後、日本簽訂《馬關條約》三個月前，即1895年1月，經過日本政府的考察，釣魚島定義為無主地，認為中國只憑先發現或因地理原因並不可作為擁有主權的充分證據，而將釣魚島納入日本版圖。
二戰結束後，1946年11月美國政府發表聲明，將琉球、小笠原群島、原日本託管統治區域置於美國的戰略託管之下，並且將此方案向聯合國提出。1947年4月2日 ，聯合國安理會通過美國的提案。1947年9月23日 ，當時代表中國民意諮詢機構的國民參政會曾反對把琉球歸屬日本，要求在對日和約中規定琉球應交中華民國託管。同年10月18日，行政院長張群出席國民參政會會議時，也提出「琉球群島與我國關係特殊，應該歸還我國」。但美國拒絕了中國對琉球統治權的要求。其後中華民國政府因故並未將釣魚島劃入台灣範圍，釣魚島標以「尖閣列嶼」的字眼。在戰後美軍統治琉球期間，美軍使用釣魚島作為炸射演習場付租金給釣魚島地主日本人古賀善次。中華人民共和國雖然沒有直接提及釣魚島問題，但如上所述，因台灣問題等在一開始就反對舊金山和會和《舊金山和約》本身。
1972年7月至9月中華人民共和國政府和日本政府就兩國邦交恢復正常化的談判中，中華人民共和國總理周恩來提出為恢復邦交，暫無必要涉及釣魚島的問題，日本首相田中角榮對此表示同意「以後再談」，故在1972年9月29日 的《中日聯合聲明》未具體提及中日兩國的釣魚島領土紛爭。1978年8月至10月中華人民共和國政府和日本政府談判及簽訂《中日和平友好條約》時，中華人民共和國副總理鄧小平重提實現邦交正常化時，「雙方約定不涉及釣魚台問題」，「現在談《中日和平友好條約》時，雙方也約定不涉及，要以大局為重」，史料未見當時日本首相福田赳夫對此提出反對意見。這些至少在中方認為是中日雙方暫時擱置釣魚台問題爭議的共識和默契。1972年至1990年代初期間的事實亦顯示中日雙方在釣魚台問題問題上雖偶有民間活動的摩擦，尚無發生大的衝突。
1996年《聯合國海洋法公約》生效以後，日本態度發生變化，不再承認與中方曾經就釣魚台問題問題形成過默契；是年日本根據對釣魚島的管轄擴大排他性經濟海域（EEZ），中華民國政府（6月21日 ）中華人民共和國政府（6月23日 ）均正式向日本提出「嚴正抗議」。
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